Při Historickém ústavu Filozofické fakulty Masarykovy univerzity vycházejí dvě odborná periodika. 

Studia historica Brunensia, dříve vydávaný jako Sborník prací Filozofické fakulty brněnské univerzity. C - Řada historická, je recenzovaný vědecký časopis. Jeho posláním je zveřejňovat příspěvky z oblasti českých a obecných dějin a také z oblasti pomocných věd historických a z dějin správy. Klade důraz na původnost a originalitu publikovaných příspěvků. Poskytuje prostor k publikování jak etablovaným odborníkům, tak také začínajícím autorům na počátku jejich akademické dráhy. Kontinuálně vychází od roku 1954, od roku 2009 je vydáván dvakrát ročně.

K Historickému ústavu je volně přičleněno i pracoviště Matice moravské, jehož Časopis Matice moravské patří k historickým časopisům s dlouholetou tradicí. Byl založen již v roce 1869 a vycházel s výjimkou let 1883–1890 a posledních let nacistické okupace nepřetržitě. Časopis se zaměřuje především na vydávání vědeckých studií a článků, v nichž jsou předkládány nejnovější poznatky spjaté s dějinami Moravy, českých zemí a střední Evropy. Od meziválečného období je Časopis Matice moravské recenzovaným periodikem. Vychází dvakrát ročně. Časopis je evidován v databázích Scopus, European Reference Index for the Humanities and the Social Sciences (ERIH PLUS) a v Seznamu recenzovaných neimpaktovaných periodik vydávaných v České republice.

Oba časopisy jsou dostupné v režimu open access (s výjimkou posledních tří ročníků Časopisu Matice moravské).